^^^
Mgr. David Řeha, PhD
Pozice
Vedoucí laboratoře
Zámek 136, CZ 373 33 Nové Hrady
Tel.: +420 389 033 801
reha@nh.cas.cz
Současné zaměření
Dosavadní výzkumná činnost je hlavě zaměřena na studium biomolekulárních systémů pomocí výpočetních metod. Jedná se jednak o výzkum interakcí biomolekul (proteinů, DNA) s různými ligandy pomocí MD simulací, QM/MM výpočtů a molekulárního dockování. Studium funkčních procesů u širokého spektra proteinů, včetně membránových proteinů, pomocí MD simulací. Dále pak studium mechanismů enzymatických reakcí pomocí QM/MM výpočtů a modelování tranzitních stavů u enzymatických reakcí. Další oblastí je studium přenosu náboje (charge transfer) u biomolekul (DNA, fotosyntetické proteiny) a výpočet spektroskopických konstant (IR, NMR, UV) pomocí QM metod kombinovaných s MD simulacemi. V neposlední řadě se také zabývá vývojem a aplikací nových výpočetních metod (např. MM polarizace pro QM/MM výpočty).
Dřívější výsledky
- 2009-2011 Postdoct: Department of Biological Sciences, University of Essex, Colchester, Velká Británie
Projekt: Implementace MM polarizace v QM/MM výpočtech
Vedoucí projektu: Prof. Christopher Reynolds - 2007-2009 Postdoc: School of Physics and Astronomy, University of Leeds, Velká Británie
Projekt: Multi-škálový model přenosu náboje u DNA molekul
Vedoucí projektu: Dr. Sarah Harris
- 2005-2006 Postdoc: NCBR, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Brno, ČR
Projekt: Ab initio výpočty NMR prametrů u DNA.
Vedoucí projektu: Prof. Vladimír Sklenář - 2000-2005 Doktorské studium: Přírodovědecká Fakulta, Univerzita Karlova, Praha, ČR + Ústav Organické Chemie a Biochemie, Akademie věd České Republiky
Obor studia: Fyzikální chemie
Téma doktorské práce: „Ab Initio Calculations and Molecular Dynamics Simulations of Biomolecules in the Gas Phase and in Aqueous Solution.“
Školitel: Prof. Pavel Hobza - 1995-2000 Magisterské studium: Přírodovědecka Fakulta, Univerzita Karlova, Praha, ČR
Obor studia: Fyzikální chemie
Téma diplomové práce: „Teoretické studium interakce interkalátorů s DNA“
Školitel: Prof. Pavel Hobza
Publikace
publicationslist.org/david.rehaÚstavní publikace v impaktovaných časopisech
- Saurabh Kumar Pandey, Milan Melichercik, David Řeha, Rüdiger H. Ettrich,and Jannette Carey (2020) Conserved Dynamic Mechanism of Allosteric Response to L-arg in Divergent Bacterial Arginine Repressors. In: Molecules. Vol 25, pp. 1-24.
- Jakub Šebera, David Řeha, Jiří Fukal, Vladimír Sychrovský (2020) Interstrand Charge Transport within Metallo-DNA: the Effect Due to Hg(II)-and Ag(I)-Mediated Base Paris. In: The Journal of Physical Chemistry C. Vol 124, pp. 7477-7486.
- N. Kulik, M. Kutý, D. Řeha (2020) The study of conformational changes in photosystem II during a charge separation. In: Journal of Molecular Modeling. Vol Issue 26, pp. 1-13.
- Vitali Bialevich, Dhiraj Sinha, Katsiaryna Shamayeva, Alena Guzanova, David Řeha, Eva Csefalvay, Jannette Carey, Marie Weiserova, Rüdiger H Ettrich (2017) The helical domain of the EcoR124I motor subunit participates in ATPase activity and dsDNA translocation.. In: PeerJ. Vol 5, pp. 01-.
- Jakub Šebera, Yoshikazu Hattori, Daichi Sato, David Reha, Radim Nencka, Takashi Kohno, Chojiro Kojima, Yoshiyuki Tanaka, Vladimír Sychrovský (2017) The mechanism of the glycosylase reaction with hOGG1 base-excision repair enzyme: concerted effect of Lys249 and Asp268 during excision of 8-oxoguanine. In: Nucleic acids research. (9), pp. 5231-5242.
- Irena Kratochvílová, Martin Golan, Karel Pomeisl, Jan Richter, Silvia Sedláková, Jakub Šebera, Júlia Mičová, Martin Falk, Iva Falková, David Řeha, K Wade Elliott, Krisztina Varga, Shelby E Follett, Daniel Šimek (2017) Theoretical and experimental study of the antifreeze protein AFP752, trehalose and dimethyl sulfoxide cryoprotection mechanism: correlation with cryopreserved cell viability.. In: RSC advances. Vol 7, pp. 352-360.
- Irene Frischauf, Monika Litviňuková, Romana Schober, Vasilina Zayats, Barbora Svobodová, Daniel Bonhenry, Victoria Lunz, Sabrina Cappello, Laura Tociu, David Reha, Amrutha Stallinger, Anna Hochreiter, Teresa Pammer, Carmen Butorac, Martin Muik, Klaus Groschner, Ivan Bogeski, Rüdiger H Ettrich, Christoph Romanin, Rainer Schindl (2017) Transmembrane helix connectivity in Orai1 controls two gates for calcium-dependent transcription.. In: Science signaling. Vol 10, pp. 507-.
- Kopecky V. Jr; Ettrich R.; Pazderka T.; Hofbauerova K.; Reha D.; Baumruk V. (2016) Influence of ligand binding on structure and thermostability of human alpha1 -acid glycoprotein.. In: Journal of Molecular Recognition. Vol 29 (2), pp. 70-79.
- Oksana Degtjarik, Jiři Brynda, Olga Ettrichova, Michal Kuty, Dhiraj Sinha, Ivana Kuta Smatanova, Jannette Carey, Rüdiger Ettrich, David Řeha (2016) Quantum Calculations Indicate Effective Electron Transfer between FMN and Benzoquinone in a New Crystal Structure of Escherichia coli WrbA.. In: Journal of Physical Chemistry B. Vol 120, pp. 4867-4887.
- Ali Reza Harifi-Mood, Roohollah Ghobadi, Sara Matić, Babak Minofar, David Řeha (2016) Solvation analysis of some Solvatochromic probes in binary mixtures of reline, ethaline, and glyceline with DMSO. In: Journal of Molecular Liquids. Vol 222, pp. 845-853.
- Sinha D., Shamayeva K., Ramasubramani V., Reha D., Bialevich V., Khabiri M., Guzanova A., Milbar N., Weiserova M., Csefalvay E., Carey J., Ettrich R. (2014) Interdomain communication in the endonuclease/motor subunit of type I restriction-modification enzyme EcoR124I.. In: Journal of Molecular Modeling. Vol 20 (7), pp. 2334-.
- Iryna Kishko, Balasubramanian Harish, Vasilina Zayats, David Reha, Brian Tenner, Dhananjay Beri, Tobias Gustavsson, Rüdiger Ettrich, Jannette Carey (2012) Biphasic kinetic behavior of E. coli WrbA, an FMN-dependent NAD(P)H:quinone oxidoreductase.. In: PloS one. Vol 7, pp. e4390-.
